案情简介：甲公司、乙公司均系丙公司（属以发起设立方式设立的股份有限公司）的投资股东，在丙公司全部股本金中，甲公司持有股份55％、乙公司持有18.125％。经丙公司董事会会议决议任命甲公司人员为董事长、法定代表人；并由董事长提名任命甲公司人员为总经理。甲公司至1998年6月30日向丙公司借款达3971万元。1998年8月20日，甲公司与丙公司签订《债权债务处理协议书》，丙公司同意甲公司以其房产作价抵偿。乙公司不认可该协议，并要求丙公司董事会责成经营班子在产权过户后迅速组织评估。2000年3月7日，丙公司监事会召开会议决定对抵债房产进行评估。4月17日，乙公司代表非控股方主张，甲公司利用担任丙公司董事长、总经理的优势地位，与丙公司进行大量关联交易，甲公司以低值高估的房产作价抵债，侵犯公司利益。因甲公司为控股股东，丙公司称无法起诉甲公司。经丙公司非控股股东特别会议决定，委托乙公司作为非控股股东代表行使诉权。

处理结果：经多方周折努力，根据甲公司与丙公司签订的债权债务处理协议书，约定甲公司以房产作价抵偿给丙公司属控股方甲公司对丙公司实施控股行为且损害被控股公司及非控股股东利益，违背公平、诚实信用原则，主张认定无效。甲公司抵债房产价值仅为1119.74万元，已给丙公司造成损失。甲公司明知自己居于控股地位但为牟取本公司利益而对被控股公司实施以低值高估的房产进行抵债，其行为已构成对丙公司及其他非控股股东权利的侵害。甲公司应赔偿由其侵权行为给丙公司造成的损失最终法院也是判决甲公司应给付丙公司损失2851.26万元及利息并承担诉讼费。

评析：本案系股份有限公司股东之间因关联交易损害股东利益而引发的纠纷，其处理涉及到我国司法实践中对公司关联交易的认定特别是公司少数股东权利如何才能得到保护的实际操作问题。最终也是得到强烈的反响。